نظام آموزشی مدرسه الغدیر به گونه ای طراحی شده است که ثمره آن پرورش طلابی باشد که علاوه بر رسیدن به درجات علمی و استادی، مجتهدان فقه نظام ساز و مدیران کار آمد در جامعه و تمدن اسلامی باشند.نیاز امروز جامعه اسلامی و لازمه حرکت به سوی تمدن اسلامی، پرورش عالمان و دانشمند مجتهدی است که علاوه بر دستیابی به قله های علمی، تسلط و توانایی در امور مدیریتی نیز داشته باشند.